納品したシステムやセットアップ済みのシステムに差分ファイルを反映するケースでは
git diff と git archive を組み合わせて差分ファイルを作成しているのですが、アーカイブしたときの
改行コードが意図しない状態になっていました。
git config の core.autocrlf が false のとき git archive を実行すると差分ファイルの
改行コードがCRLFになりました。
core.autocrlf を input にすると LF になりました。
git archive のヘルプを見ても改行コードに関する内容を見つけることができなかったので
もしかしたら、core.autocrlf の設定が git archive に影響を与えているのではないかと思います。